python - 对列表的每个元素运行外部程序

Question

我正在尝试为分子列表（SMILES 格式）中的每个元素（分子）调用外部程序（Openbabel）。但是，我不断收到相同的错误：

/bin/sh: 1: Syntax error: "(" unexpected (expecting ")").

我的代码有什么问题？

from subprocess import call

with open('test_zinc.smi') as f:
    smiles = [(line.split())[0] for line in f]

def call_obabel(smi):
    for mol in smi:
        call('(obabel %s  -otxt -s %s -at %s -aa)' % ('fda_approved.fs', mol, '5'), shell=True)

call_obabel(smiles)

Answer 1

subprocess.call需要一个可迭代的命令和参数。如果您需要将命令行参数传递给进程，它们属于可迭代对象。也不建议使用shell=True它，因为它可能存在安全隐患。下面我就省略了。

尝试这个：

def call_obabel(smi):
    for mol in smi:
        cmd = ('obabel', 'fda_approved.fs',  '-otxt', '-s', mol, '-at', '5', '-aa')
        call(cmd)