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关于如何考虑可以使用需要（稍微）不同的 shell 调用的软件版本的管道的想法？

有时，在带有conda的版本之间切换，shell 调用是不同的，例如 Samtools 0.1.18 和 Samtools 1.3.1。前缀需要不同的格式。

我已经想到了三种方法，并正在寻找其他建议：

  1. 我将在我的 YAML 中添加一个配置变量，用它来设置版本号。有一个条件，使得只包含匹配的版本规则。与我在这里使用软件选择标志的方式类似。

  2. 我将在规则中进行版本检测，并相应地更改 shell 调用。在上面的示例中，唯一的区别是添加了“-T”参数。这很简单，但我担心最终我会遇到一种情况，它不仅仅是一个额外的论点。

  3. 编写完全独立的规则，规则名称中包含版本，让用户有责任选择正确的版本。这将不可避免地导致模棱两可的冲突，但我可以处理这些。

反思： 我不相信嵌套条件是最好的方法，因为它使维护更加困难，而且真的不是那么优雅。在规则中进行检测并没有那么糟糕，但我不喜欢将控制流推送到规则中的想法（现在它已经从我的管道规则中删除了）。我想避免产生歧义冲突。

我缺少支持功能吗？起初我以为这是Snakemake 的 'Version' 指令，但实际上并不是我想要的。要么，要么我错过了如何使用它。

想法？

支持文档

山姆工具 1.3.1

 (CentOS5-Compatible) [tboyarski@login3 bin]$ ./samtools sort
 Usage: samtools sort [options...] [in.bam]
 Options:
   -l INT     Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best)
   -m INT     Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M]
   -n         Sort by read name
   -o FILE    Write final output to FILE rather than standard output
   -T PREFIX  Write temporary files to PREFIX.nnnn.bam
   -@, --threads INT
              Set number of sorting and compression threads [1]
       --input-fmt-option OPT[=VAL]
                Specify a single input file format option in the form
                of OPTION or OPTION=VALUE
   -O, --output-fmt FORMAT[,OPT[=VAL]]...
                Specify output format (SAM, BAM, CRAM)
       --output-fmt-option OPT[=VAL]
                Specify a single output file format option in the form
                of OPTION or OPTION=VALUE
       --reference FILE
                Reference sequence FASTA FILE [null]

1.3.1 ---> config["samtools"] + ' sort -no -m ' + str(config["sortMem"]) + ' - -T' + str(log.stdErr)

山姆工具 0.1.18

(CentOS5-Compatible) [tboyarski@login3 condaENV]$ samtools sort
Usage: samtools sort [-on] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix>

0.1.18 --> config["samtools"] + ' sort -no -m ' + str(config["sortMem"]) + ' - ' + str(log.stdErr)

不同之处在于 str(log.stdErr) 之前的“-T”。

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1 回答 1

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我将选择选项 2，使用工具版本作为通配符：您将在输出文件路径中拥有它，这会加强文档，并且如果您希望结果与工具的不同版本相对应，这将避免麻烦。

您可以使用通配符的功能params来确定要传递给的部分甚至全部命令shell。如果你不生成整个命令，你也可以使用一个函数params来选择正确的工具。

TOOL_VERSIONS = config["tool_versions"]


rule all:
    expand("tool_results/{tool_version}/tool_output", tool_version=TOOL_VERSIONS)


rule previous_rule: # I skip this part


def version2tool(wildcards):
    if float(wildcards.tool_version) <= 0.1.18:
        return "/usr/bin/tool"
    else:
        return "/usr/local/bin/tool"


def tool_version2options(wildcards):
    if float(wildcards.tool_version) <= 0.1.18:
        return "-"
    else:
        return "--T"


rule apply_tool:
    input:
        rules.previous_rule.output
    output:
        "tool_results/{tool_version}/tool_output"
    params:
        tool = version2tool,
        tool_options = tool_version2options
    shell:
        """
        {params.tool} {params.tool_options} {input} > {output}
        """

以上假设您在配置文件中有所需的版本：

tool_versions : ["0.1.18", "1.3.1"]
于 2017-08-04T09:10:42.013 回答