r - 仅将 hclust 绘制到切割簇，而不是每个叶子

Question

我有一个包含近 2000 个样本的 hclust 树。我已将其切割成适当数量的簇，并希望绘制树状图，但以切割簇的高度结束，而不是一直到每一片叶子。每个绘图指南都是关于通过集群或绘制一个框来为所有叶子着色，但似乎没有什么能让切割线下方的叶子完全消失。

我的完整树状图如下所示：

我想绘制它，就好像它在我在这里绘制 abline 的地方停止（例如）：

Answer 1

这应该让你开始。我建议阅读“树状图”的帮助页面

以下是帮助页面中的示例：

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend1 <- as.dendrogram(hc)
plot(dend1)
dend2 <- cut(dend1, h = 100)
plot(dend2$upper)
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1))

通过对树状图对象（而不是 hclust 对象）执行切割，您可以绘制树状图的上部。根据您的分析，替换 branch1、2、3 和 4 标签需要一些工作。

祝你好运。