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我有一个包含多个规则的 Snakefile,只有少数需要超过 1 GB/核心才能在集群上运行。该resources指令对此非常有用,但我找不到设置默认值的方法。我宁愿不必为resources: mem_per_cpu = 1024不需要超过默认值的每个规则编写。

我意识到我可以__default__集群配置文件中使用我想要的东西并覆盖mem_per_cpu特定规则的值。我犹豫是否这样做,因为内存要求与平台无关,所以我更愿意将它们包含在 Snakefile 本身中。它还会阻止我使用--resources命令行选项指定本地资源限制。

Snakemake 有一个简单的解决方案可以帮助我吗?谢谢!

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我正在阅读 Snakemake 的更新日志,我遇到了这个:

添加 –default-resources 标志,允许为作业定义默认资源(例如 mem_mb、disk_mb),请参阅文档。

于 2019-09-07T21:12:48.763 回答