我有一个包含多个规则的 Snakefile,只有少数需要超过 1 GB/核心才能在集群上运行。该resources
指令对此非常有用,但我找不到设置默认值的方法。我宁愿不必为resources: mem_per_cpu = 1024
不需要超过默认值的每个规则编写。
我意识到我可以__default__
在集群配置文件中使用我想要的东西并覆盖mem_per_cpu
特定规则的值。我犹豫是否这样做,因为内存要求与平台无关,所以我更愿意将它们包含在 Snakefile 本身中。它还会阻止我使用--resources
命令行选项指定本地资源限制。
Snakemake 有一个简单的解决方案可以帮助我吗?谢谢!