snakemake - Snakemake：包装器命令日志记录

Question

我无法弄清楚如何记录包装器执行的命令。“snakemake -p”和“snakemake -D”都没有向我显示实际运行的命令。

记录通过包装器创建的命令的最佳方法是什么？

干杯，塞布

Answer 1

因此，目前，-p 确实没有传播到脚本或包装器。但是，我刚刚在代码中进行了更改，即将发布的 4.0 版将通过 snakemake -p 为您提供所需的内容。

请注意，包装器通常不仅仅执行单个 shell 命令。您可以在包装器描述的相应页面上找到包装器的完整源代码。例如，请参见此处的bwa mem：https ://snakemake-wrappers.readthedocs.io/en/stable/wrappers/bwa/mem.html#code