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我正在处理月经周期数据,我想调查携带感染是否可以预测月经前症状的发生。此外,我没有先验理由认为月经前阶段会持续 3、4 或 5 天(或更少或更多)。因此,我想将模型与变量“阶​​段”的不同版本进行比较,以研究当人们想要预测经前症状作为感染的线索时,与经前阶段最相关的长度是多少。

但是,对于我遇到的数据和问题,我必须使用 glmmPQL,它不计算 AIC,因此我不能使用 MuMin 和其他类似的包(我也无法获得 qAIC)。目前我已经使用 ROC 包和性能函数来比较模型,但我不确定这是一个合理的方法。下面我详细介绍了我的数据集和模型。我在网上花了很多时间试图找到一种方法来比较 glmmPQL 模型与二项式响应和时间自相关结构,但在我的情况下没有一个工作(例如比较 gls 模型,因为我的响应是二项式,比较 lmer 模型因为我的数据是自相关的)。任何帮助将不胜感激,谢谢!

数据集:每一行描述一天,并且在女性中重复这些天。在此示例中,数据仅告知 1 个月经周期。响应变量是二进制 (0,1),固定变量“inf”(感染:是/否)和“阶段”(阶段:月经前/其他)也是如此。因为数据在时间上是自相关的(每天的症状与女性前一天出现的症状相关),我使用 glmmPQL 来包含时间自相关结构和随机效应 ID。这给出了以下模型(长度:周期长度;dcycle:周期中的天数)

# model # 
library(MASS)
library(nlme)
modc.PQL<-glmmPQL(cramps~inf*phase+log(age)+log(clength), random=~1|id,  correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)

# inspecting model fit #
require(ROCR)
pr <- predict(modc.PQL)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

现在我想比较具有不同版本变量 Phase 的模型(phase4-> 月经前 4 天;phase5-> 月经前 5 天等...)

# candidate set #
modc.PQL4<-glmmPQL(cramps~inf*phase4+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)      
modc.PQL5<-glmmPQL(cramps~inf*phase5+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)    
modc.PQL6<-glmmPQL(cramps~inf*phase6+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)  
modc.PQL7<-glmmPQL(cramps~inf*phase7+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)

# inspecting model fit model by model #
require(ROCR)
pr <- predict(modc.PQL3)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

pr <- predict(modc.PQL4)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

ETC...

这感觉不对,因为我没有一套标准来决定两个模型的准确性何时不同(如使用 AIC 时的 2 分规则)。因此,即使一个模型具有更好的准确度值,所有模型也可能大致等效。

最后,如果有人知道如何在 glmmPQL 上运行半范数图,请告诉我!

非常感谢

亚历克斯

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