我试图运行用于搜索 WGS 分类子集的Perl 脚本 ( taxid2wgs.pl )。
Taxid2wgs.pl(可在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/WGS_TOOLS获得)。
$ ./taxid2wgs.pl -title "Bacteria WGS" -alias_file bacteria-wgs 2
在这里,2
是细菌的出租车。taxid2wgs.pl
将生成别名文件“ bacteria-wgs.nvl ”。
但是我在下面收到一条错误消息。
Can't locate LWP/UserAgent.pm in @INC (you may need to install the LWP::UserAgent module) (@INC contains: /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.24.0/x86_64-linux-thread-multi /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.24.0 /usr/local/lib/perl5/5.24.0/x86_64-linux-thread-multi /usr/local/lib/perl5/5.24.0 .) at ./taxid2wgs.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at ./taxid2wgs.pl line 4.
我接下来要做的是安装 LWP perl 模块(libwww-perl-6.05)。
~# perl Makefile.PL
Checking if your kit is complete...
perl: symbol lookup error: /root/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/List/Util/Util.so: undefined symbol: Perl_xs_handshake
在发布之前,我尝试了另一种解决方案。
~# perl -MCPAN -e 'install Bundle::LWP'
perl: symbol lookup error: /root/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/List/Util/Util.so: undefined symbol: Perl_xs_handshake
为了克服这个问题,我使用 YUM 安装了名为perl-libwww-perl的所需模块。
~# yum install perl-libwww-perl
但它仍然不适用于我的操作。
对不起,我对此很陌生。感谢帮助!