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这是我的数据。您可以打开此链接https://www.dropbox.com/s/3bypmpojkpnomos/trial1.txt?dl=0

我想绘制一个箱线图，其中男性和女性在 x 轴上，他们的频率在 y 轴上。然后从那里，我想进行两个样本 t 检验。有没有办法区分受干扰和未受干扰的栖息地？

这就是我尝试过的；

# install and load ggplot2
trial1$Sex <- factor(trial1$Sex,labels = c("Female", "Male"))
P1 <- qplot(trial1$Sex, xlab="Host Sex", ylab="Host caught", main="HOSTS CAUGHT VS SEX")
trial1$Habitat <- factor(trial1$Age,labels = c("Disturb", "Undisturb"))
P2 <- qplot(trial1$Habitat, xlab="Habitat", ylab="Host caught", main="HOSTS CAUGHT VS HABITAT")

# calculatefrequency
library(plyr) #can also count using this package
#calculate frequency and make data frame
library(dplyr)#or this package
f1 <- factor(c(Sex))
T1 <- table(f1) #create table of frequency

f2 <- factor(c(Habitat))
T2 <- table(f2)

a1 <- ggplot(data = trial1, aes(x = Sex, y = Freq, colour = Sex)) + 
      geom_boxplot() + xlab("Sex") + ylab("Total ectoparasites") + 
      ggtitle("Sex vs Total ectoparasites")
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您应该对这种类型的数据做的第一件事是将其从宽格式重塑为长格式。这意味着创建 2 列，一列用于 P1、P2等，一列用于对应的值。

library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)
trial1 %>% 
  gather(variable, value, -Habitat, -Sex, -Birds)

在这种情况下，我不推荐使用箱线图；鉴于数据中的大量零值，它不会提供信息。我是否可以建议使用geom_jitter来绘制计数与性别的关系，并通过 Habitat 使用方面进一步子集：

trial1 %>% 
  gather(variable, value, -Habitat, -Sex, -Birds) %>% 
  ggplot(aes(Sex, value)) + 
  geom_jitter(width = 0.2, alpha = 0.3) + 
  facet_grid(Habitat ~ .) +
  labs(y = "total ectoparasites", title = "Total ectoparasites by Sex and Habitat") +
  theme_light()

在此处输入图像描述

您可以通过多种方式汇总数据以进行后续统计测试。例如，要获得一个 2 x 2 的 Sex and Habitat 计数表（实际上是 2 x 3，因为 Sex 是第一列：

trial1 %>% 
  gather(variable, value, -Habitat, -Sex, -Birds) %>% 
  group_by(Sex, Habitat) %>% 
  summarise(count = sum(value)) %>% 
  spread(Habitat, count)

     Sex Disturb Undisturb
*  <chr>   <int>     <int>
1 Female       6        23
2   Male      69       117
于 2017-05-12T01:33:43.923 回答