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我有两个非常相似的 Snakemake 工作流程。他们都共享一个子工作流程和几个包含。在进行空运行时,它们都可以工作。它们都使用相同的集群配置文件,我使用相同的启动命令运行它们。其中一个在提交到 LSF 集群时失败,并出现以下错误:

Executing subworkflow wf_common.
WorkflowError:
Config file __default__ not found.

我想知道在 Snakemake 中,两个工作流程共享一个子工作流程是否“合法”,就像在这种情况下一样,如果不是,我运行首先工作的工作流程这一事实是否会产生这种效果。

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你可以试试 Snakemake 3.12.0 吗?它修复了将集群配置传递给子工作流的错误。我认为这可以解决您的问题。

于 2017-05-11T19:06:13.667 回答