我试图从高层次上理解R Markdown和之间的区别R NoteBook。我知道它们是相互关联的，但我想弄清楚它们是如何相关的。我的理解是这样的：
我知道 R Notebooks 确实是 R Markdown 文档，但我对术语感到困惑。
RStudio 新文件选项同时具有R Markdown并R NoteBook选择它们中的任何一个都会打开一个R Markdown文件，但有细微差别。所以只是想弄清楚为什么有两种选择，两者之间有什么区别？
我知道 R Notebooks 是新推出的，R Markdown 已经存在了一段时间。部分混淆可能是因为我R Markdown在引入 R Notebook 之前从未使用过，所以我的相关或更具体的问题是
R NoteBook 与仅使用 R MarkDown 有何不同，或者 R NoteBook 带来了哪些新功能？
我在网络搜索中的所有点击都指向 R Notebook 使用 R Markdown，但我没有找到任何关于两者之间具体不同之处的帮助。
据我了解和我的设置，没有编码差异。区别在于渲染。文件扩展名是一样的。
当您制作新的 R Notebook 时，它会html_notebook在标题中添加输出选项。这就是区别。然后，您可以快速预览渲染而无需编织它。每次保存时它也会刷新预览。但是，在该预览中，您没有代码输出（没有数字，没有表格..）（至少在我的设置中）。没有html_notebook输出就没有按钮预览
如您所见，预览选项出现，但您也可以以您想要的任何格式编织它。当您这样做时，它会将其添加到标题代码中。
但是，如果您的标题中没有它html_notebook，您只能编织您的代码以查看它的外观（整本书）（请忽略我在图片中添加的附加默认选项）
并且预览选项未显示在下拉菜单中
否则它的工作原理相同。对于某些默认配置，输出也默认隐藏在代码部分中。
请注意，您可以在标题中混合多个输出选项，以便您可以保留预览并保留您的编织选项以供导出。
最近我发现这篇文章让我清楚地了解了 R Markdown 与 R Notebook 的问题。 http://uc-r.github.io/r_notebook
以下是一些相关的行：
编写 R Notebook 文档与编写 R Markdown 文档没有什么不同。文本和代码块语法与您在 R Markdown 教程中学到的没有什么不同。主要区别在于 R Notebook 的交互性。主要是在 R Markdown 文档中执行块时，所有代码都会一次发送到控制台，但在 R Notebook 中，一次只发送一行。如果一行出现错误，这允许执行停止。
当您在 RStudio 中创建 R Notebook 时，在 knit vs. preview 上也有这个：
预览会显示编辑器内容的呈现 HTML 副本。因此，与Knit不同，Preview不运行任何 R 代码块。而是显示上次在编辑器中运行时块的输出。
希望你觉得它有用。
从上述答案中，最重要的区别之一并不完全清楚。
从Bookdown 书的第 3.2.1.3 节：
编辑器工具栏上的菜单中还有一个
Restart R and Run All Chunks项目Run，它可以在运行所有块之前为您提供一个全新的 R 会话。这类似于Knit按钮，它启动一个单独的 R 会话来编译文档。
换句话说，编织创建了一个新环境并在那里运行所有代码。相比之下，R Notebook 使用 Global Environment 来呈现 HTML 文件。事实上，对于 R Notebook，每次.Rmd保存文档时都会更改 HTML 文件。该Preview按钮仅以当前状态打开 HTML 文件。没有代码运行。Preview字面意思是它所说的：它只是向您展示已经完成的事情。
为什么这很重要？例如，如果.Rmd打开了 R Notebook 文件，但没有运行代码块，则 HTML 文件将渲染所有的 markdown 和输入代码，但不会出现任何输出。或者，假设您在控制台中定义了一些变量x，而不是在代码块中。如果您尝试x在 R Notebook 中的某个位置使用，它会工作得很好。预览 HTML 文档也可以正常工作。另一方面，编织文档会产生“未知变量”错误，因为编织在新环境中运行所有代码，并且该变量x从未在任何地方的降价文件中定义。
不同之处在于，在 R Notebok 中，您可以编写 Markdown 和 R-code Chunks 并直接执行它们并立即查看结果。它是一种你自己的笔记本。
R Markdown 可以在 html、pdf 或 word 文档中创建漂亮的输出。结合 Markdown 和 R-Code-Chunks。可以在这里找到简短的介绍和动机。
相似点： R 笔记本和 R Markdown 文档非常相似。Markdown 格式适用于两种文件类型。这两种文件格式都可用于与他人交流代码以及结果和评论。可以选择将创建的文档编织成 HTML、PDF 和 WORD 输出格式。如果代码中有错误，将不会生成输出。运行文件：CTRL+SHIFT+K 并插入代码块：CTRL+ALT+I。
R Markdown 文档：可以通过向导配置 Rmd 文档，并具有可重复性文档、演示幻灯片、闪亮应用程序等选项以及从模板创建文档的选项。如果更改代码，输出将在 Rmd 输出中执行。它不提供预览文档的选项。YAML 标头的输出格式为： output: html_document
R Notebook Document：直接启动 R nb 文档，不会出现向导（如 .RMD 的情况）。除了笔记本文件，还会生成一个扩展名为 *.nb.html 的附加 html 文件。笔记本有预览选项。如果任何代码被更改或编辑，则不会显示新的输出。输出显示在代码编辑器本身中。无论旧输出是什么，它都只会被渲染。代码更改不会生成新的输出。为了显示代码输出，我们需要执行块，然后它将出现在输出中。YAML 标头的输出为： output: html_notebook
YAML 标头：如果我们将 YAML 标头从一个文件更改为另一个文件，它将更改文档的类型。例如，您有一个 R 笔记本，其 YAML 标头为 html_notebook。如果您更改 YAML 标头，您的 R 笔记本将转换为 R Markdown 文档。
如果您必须选择一个，请使用RMarkdown文档，因为它提供更多控制并在您编织它时立即更新文档。
这是我发现的一个实际区别：
当您需要注释掉部分文本时，RMarkdown 会插入文本#的每一行，而 RNotebook 则巧妙地将文本封装在一对<!--,--->符号之间（如在 html 文件中）
有人可能会说，这是多么微不足道的区别。然而，正因为如此，我现在总是在 RStudio 中为我的所有文档使用 R Notebook（而不是 RMarkdown）。在其他所有方面，它们看起来都是一样的（至少对于我的需要，例如生成 html 和 pdf）
否则，我的评论会突然变成标题，如下所示：
# This part is commented out, but will show as Heading 1 font text
http://rmarkdown.rstudio.com/r_notebooks.html#notebook_file
“普通的 R Markdown 文档是“编织”的，但笔记本是“预览的”。虽然笔记本预览看起来类似于渲染的 R Markdown 文档，但笔记本预览不执行任何 R 代码块“
从jrnold：
R 笔记本文件在编辑器中显示输出，同时隐藏控制台。R markdown 文件在控制台内显示输出，而不在编辑器内显示输出。它们在 YAML 标头中的输出值不同。
R 笔记本的 YAML 标头将包含以下行，
---
ouptut: html_notebook
---
R 降价文件的 YAML 标头将包含以下行，
ouptut: html_document
将 YAML 标头从 R 笔记本复制到 R markdown 文件会将其更改为 R markdown 文件，反之亦然。更具体地说，将值更改output为 这是因为打开时的 RStudio IDE 和编织时的rmarkdown包使用文件的 YAML 标头，特别是outputYAML 标头中键的值，以确定它是什么类型的文档是。
R 文件中自然包含 R 编程语言代码。
另一方面，R Markdown 是一个 Markdown 文件（“Markdown 是一种轻量级标记语言，用于使用纯文本编辑器创建格式化文本”，每个 daringfireball.net/projects/markdown），其中嵌入了 R 代码块。
R 代码块提供了在 RStudio 中运行整个块或单行的选项。更重要的是，当您导出 R Markdown 文件时，您会看到 Markdown 文本显示为文本，而 R 代码块默认显示为灰色并显示为代码块。RMarkdown 旨在使 R 更具动态性，尤其是为了创建报告。R Markdown 已被科学界广泛用于生成报告。