python - 在同一熊猫数据框中将 SMILES 列转换为 ROMol 列

Question

如何使用 RDkit 或其他将 SMILES 列转换为同一熊猫数据框中的新 SDF(ROMol) 列？

例如：

ID SMILES
1  Oc1ccc2c(noc2c1)c3cccc4ccc(O)cc34
2  Oc1cc(C=C)c2cc(ccc2c1)c3ccc(O)c(F)c3
3  CC1=C(C(=O)c2ccc(O)cc12)c3ccc(O)cc3
...

Answer 1

rdkit.Chem有一个名为的模块PandasTools，可用于创建预先填充了您需要的列的数据框。
http://www.blopig.com/blog/2017/02/using-rdkit-to-load-ligand-sdfs-into-pandas-dataframes/

如果您只想编辑现有数据框，您需要的功能AddMoleculeColumnToFrame位于rdkit.Chem.PandasTools http://www.rdkit.org/Python_Docs/rdkit.Chem.PandasTools-module.html