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例如，我有 python 脚本snakemake.py：

from snakemake import snakemake

cfg={'a':'aaaa', 'b':'bbbb', 'c': 'cccc'}
snakemake(
        'Snakefile',
        targets=['all'],
        printshellcmds=True,
        forceall=True,
        config=cfg,
        # configfile=config,
        keep_target_files=True,
        keep_logger=False)

Snakefile看起来像这样：

print(config)
print('------------------------------------------------------------------------------------------')
rule a:
    output:
        'a.out'
    shell:
        "echo %s ; "
        "touch {output[0]}" % config['a']
rule b:
    output:
        'b.out'
    shell:
        "echo %s ; touch {output[0]}" % config['b']
rule c:
    output:
        'c.out'
    run:
        print(config['c'])
        import os
        os.system('touch ' + output[0])

rule all:
    input:
        'a.out', 'b.out', 'c.out'

当我运行时python snakemake.py，我遇到了一个错误：

{'a': 'aaaa', 'c': 'cccc', 'b': 'bbbb'}
------------------------------------------------------------------------------------------
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        1       a
        1       all
        1       b
        1       c
        4

rule c:
    output: c.out
    jobid: 1

{}
------------------------------------------------------------------------------------------
KeyError in line 8 of /Users/zech/Desktop/snakemake/Snakefile:
'a'
  File "/Users/zech/Desktop/snakemake/Snakefile", line 8, in <module>
Will exit after finishing currently running jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

当我删除c.outfromrule all时，它运行得非常好。看起来run规则重置中的每个块都config传递给snakemake函数为空？这不是一种奇怪的行为吗？有什么解决方法吗？

我在最新的 OSX 上使用 snakemake 版本 3.11.2（从 anaconda 的 bioconda 频道安装）。

注意：当我运行 snakemake command line 时它​​运行良好snakemake -p --keep-target-files all --config a="aaaa" b="bbb" c="cccc"。所以这看起来像是 API 的一个问题。

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1 回答 1

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您当前的 Snakemake 版本是什么？

我使用的是snakemake/3.11.2，你的脚本没有问题。

但是你必须知道每个规则的params 部分是调用configuration parameters.

在你的脚本中应该是这样的：

rule a:
    params:
        name = config['a']
    output:
        'a.out'
    shell:
        "echo {params.name} ; "
        "touch {output}"
rule b:
    params:
        name = config['b']
    output:
        'b.out'
    shell:
        "echo {params.name} ;"
        "touch {output}"

rule c:
    params:
        name = config['c']
    output:
        'c.out'
    run:
        print(params.name)
        import os
        os.system('touch ' + output[0])
于 2017-03-22T13:51:26.817 回答