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据我了解蛇规则部分的文档log，必须“手动”将内容发送到日志文件。在我看来，使用该output部分中定义的文件可以实现相同的结果。

这两种可能的方法之间的重要区别是什么？

该部分的真正用处是log什么？

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对我来说，日志的最佳实践是 Snakemake 是这样的：

rule example1:
  input:
    file = <input>

  log: 
    out = '_stdout.log',
    err = '_stderr.err'

  output:
    <output>

  shell: 
    'Script/Tool {input.file} 2> {log.err} 1> {log.out}'

我log section认为非常有用。大多数程序或工具会产生一些登录信息。这对于用户了解工具或程序的哪个步骤失败很有用standard out。standard error

当然，您可以像以下代码一样在输出部分执行此操作：

rule example2:
  input:
    file = <input>

  output:
    file = <output>
    out = '_stdout.log',
    err = '_stderr.err'

  shell: 
    'Script/Tool {input.file} 2> {output.err} 1> {output.out}'

这将产生与规则相同的结果example1。但目的output section是dependencies与其他规则一起制定或只是提供您需要的结果文件。在大多数情况下，日志不是这些文件，除非在规则中检查某些参数或文件。

将日志放在输出端有一个很大的缺点。当 Snakemake 中的规则失败时，Snakemake 会删除所有可能因失败而损坏的输出。所以你的日志也会被删除，你可能看不到它在程序的哪一步失败或失败的原因。

雨果

于 2017-03-16T16:07:14.357 回答