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我正在尝试在没有 root 的 Solaris 服务器上编译samtools 。Samtools 依赖于 zlib。本机系统zlib编译不支持大文件，所以针对这个版本编译samtools有预期的效果：samtools只处理小文件。我需要它能够处理大文件。幸运的是，管理员在 /usr/local/apps/zlib-1.2.5/ 中编译了一个支持大文件的 zlib 版本。我可以通过添加-R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib到 CFLAGS 来对此进行编译，但这似乎不起作用。症状如下：

当我尝试运行 samtools 时，它会因以下错误而崩溃：

ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found

如果我添加/usr/local/apps/zlib-1.2.5/到 LD_LIBRARY_PATH，那么 samtools 可以正常工作。

使用 ldd 和 readelf 分析 samtools 会产生以下结果：

$ ldd -r samtools
        libnsl.so.1 =>   /usr/lib/libnsl.so.1
        libsocket.so.1 =>        /usr/lib/libsocket.so.1
        libresolv.so.2 =>        /usr/lib/libresolv.so.2
        libm.so.2 =>     /usr/lib/libm.so.2
        libcurses.so.1 =>        /usr/lib/libcurses.so.1
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so
        libc.so.1 =>     /usr/lib/libc.so.1
        libmp.so.2 =>    /usr/lib/libmp.so.2
        libmd.so.1 =>    /usr/lib/libmd.so.1
        libscf.so.1 =>   /usr/lib/libscf.so.1
        libdoor.so.1 =>  /usr/lib/libdoor.so.1
        libuutil.so.1 =>         /usr/lib/libuutil.so.1
        libgen.so.1 =>   /usr/lib/libgen.so.1
        symbol not found: gzopen64              (samtools)

$ ldd -s samtools

   ...(snip)...

   find object=libz.so; required by samtools
    search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)
    trying path=/usr/lib/libz.so
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so

   ...(snip)...

$ readelf -d samtools | grep RPATH
 0x0000000f (RPATH)                      Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib]

显然在二进制文件的 RPATH 中也是如此/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib，据我所知，它应该在运行时搜索共享库。但是，ldd -s表明该目录从未被搜索过。将此路径添加到 LD_LIBRARY_PATH 并重新运行 ldd 命令具有预期的效果：搜索目录并找到正确版本的 libz。

那么如何/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib在不使用 LD_LIBRARY_PATH 的情况下强制 samtools 在运行时搜索？

编辑：这里的文档似乎表明该-R选项是正确的做法。但它不起作用。

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我绝不是 Solaris 专家，但这一行：

find object=libz.so; required by samtools
 search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)

似乎向我表明LD_LIBRARY_PATH已经设置，并且其中的/usr/lib路径优先于任何运行时链接器路径。如果 LD_LIBRARY_PATH 实际上存在，您能否取消设置它并查看是否可以解决？

于 2010-11-19T22:00:50.863 回答