neo4j - 将 SNOMED CT 导入 Neo4J

Question

我需要将 SNOMED CT 本体导入到图形数据库中，在本例中是 Neo4J，但它最终可能是另一种选择。

但是，为了实现这一点，我找不到对 SNOMED CT 底层关系数据模型的清晰描述。或者至少，简化的 SQL 视图以可以映射到图形数据库的方式公开实体关系。

我将不胜感激任何有关此问题的指导或以前的经验。

Answer 1

直接尝试序列化关系数据模型可能会非常困难，并且会让您离目标更远。

值得注意的是，SNOMED 数据实际上已经以 RDF 格式提供。所以你得到一个“免费”的图形结构。

例如，这个项目以 RDF 格式提供数据，无论您选择 Titan 还是 Neo4j，将 RDF 数据放入图表都非常简单。

边注：

我的一位同事实际上致力于将 SNOMED 数据导入Grakn Graph，这是我们都在研究的语义图系统。如果您有兴趣，可以在这里查看他的作品。Grakn 是一个运行在 Titan 之上的语义图解决方案。

Answer 2

如果您正在寻找有关如何将概念、描述和关系建模到图形数据库中的示例。我在 Github 中有一个示例项目，可以将 Snomed 数据上传到 Neo4j 数据库中。

https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed

在您进入实现细节之前，我建议您尝试以下 Snomed 数据浏览器：

http://ontoserver.csiro.au/shrimp/

一旦你了解了概念和关系，你就可以完成实现。您可以使用以下要点来了解如何在 Neo4j 中查询上传的概念和关系。

https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science

Answer 3

SNOMED 可以使用NIH发布的 UMLS（统一医学语言系统）加载到 MySQL 中。加载后，表 MRREL 包含 SNOMED 节点之间的所有关系。如果您想立即在 Neo4j 中加载它，您可以完全跳过 MySQL 步骤并直接使用 UMLS RRF 文件。RRF文档格式不是很好，但文件很容易解析表格文本。

Answer 4

实际上有三个表，概念，描述和关系

您会在此处找到它们的描述： https ://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components

最重要的是关系和概念以及描述和概念之间的关系。