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我需要通过将目录中的一组文件传递给 matlab 或 python 脚本来处理它们。

对于目录中的每个输入文件 FileName.IN，我需要获取一个输出文件 FileName.OUT。

解决方案是 Python 还是 bash 脚本并不重要。

为了实现我的目标，我尝试了 GNU Make（或 Python Snakemake），但是我有点坚持。看起来我可以说 GNU Make 来做： “嘿，对于每个输出（目标）文件 FileName.out 搜索相应的 FileName.IN（先决条件）”。

但是，如前所述，我想做的恰恰相反。

  • make（或）是snakemake正确的选择吗？
  • 你还有什么建议？

我的makefile代码看起来像这样，但它不起作用（我是 GNU make 的新手）：

in_files = *.IN
out_files = *.out
$(out_files) : $(in_files)
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"
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我对 Snakemake 一无所知，但在 GNU Make 中，您可以转换in_files为out_files：

in_files = $(wildcard *.IN)
out_files = $(in_files:.IN=.out)

然后你制作一个取决于所有输出的虚拟目标：

all: $(out_files)
.PHONY: all

最后是从一个输入创建一个输出的规则：

%.out: %.IN
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"
于 2017-01-17T14:15:07.513 回答
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我想你只想要一个bashfor 循环：

for f in *.IN; do
   out=${f%IN}OUT                # Work out name of output file
   echo IN:"$f"                  # Show input file to user
   echo OUT:"$out"               # Show output file to user
   matlab <options> "$f" "$out"  # Run Matlab
done

所以，如果我有这些文件：

ls *IN

aThird.IN   
another one.IN
b.IN

我会得到这个：

IN:aThird.IN
OUT:aThird.OUT
IN:another one.IN
OUT:another one.OUT
IN:b.IN
OUT:b.OUT

或者，作为单行：

for f in *.IN; do out=${f%IN}OUT; matlab ... "$f" ... "$out"; done

备注：

尽管您的问题建议使用make，但没​​有明确的迹象表明您是否总是希望运行所有作业，或者有时某些作业是否不需要运行 - 大概是因为输出文件已经存在并且没有必要运行它们。如果您不希望每次都运行所有作业，那么使用make可能会更好。

此外，如果 Matlab 可以运行并行实例，那么GNU Parallel语法非常适合这样的事情：

parallel --dry-run matlab {} {.}.OUT ::: *IN

输出

matlab another\ one.IN another\ one.OUT
matlab aThird.IN aThird.OUT
matlab b.IN b.OUT

在这里，向--dry-run您展示了将要运行的命令，尽管它目前没有运行任何东西。

于 2017-01-17T14:14:13.743 回答