3

我在一个超级计算集群上有一个帐户，我使用例如“pip install --user keras”安装了一些软件包。

使用 qsub 向队列提交作业时，我尝试通过设置“export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:[$HOME]/.local/lib/python2.7/site-packages/keras”来确保系统可以看到我的本地包“在脚本中。

但是，生成的日志文件仍然抱怨没有名为 keras 的包。如何确保系统找到我的包裹？

4

2 回答 2

1

如果您使用的是 pbs Professional，请尝试在您的环境中导出 PYTHONPATH，然后使用带有 qsub 的“-V”选项提交作业。这将使 qsub 获取所有环境变量并将其导出以用于工作。否则，尝试使用选项“-v”（注意小 v）设置它，然后将您的环境变量键/值对与该选项像qsub -v HOME=/home/user job.sh

于 2017-01-19T23:27:52.263 回答
1

是否可以从计算节点访问 python 包？如果不是，那么解决方案是您需要安装它们。

一旦可以访问软件包，只需正确设置环境即可。对于 Torque，您可以使用 -V 和或 -v 为每个作业设置环境。-V 选项将提交作业的环境导出到作业。如果您只想发送一些变量， -v 可能会照顾您：

qsub script.sh -v PYTHONPATH=<desiredpath>[,var2name=var2value[,...]]

文档

于 2017-02-03T16:29:11.620 回答