snakemake - 如何获取工作目录路径？

Question

我想知道如何管理我的 Snakefiles 中的路径。假设我有这个配置：

current_dir
current_dir/snakefiles
current_dir/configfiles

我以这种方式执行我的工作流程：

current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml

我知道我可以使用全局变量获得我的 Snakefile 的路径workflow.snakefile，但我也想获得：

• 我的配置文件的路径
• 我正在执行我的蛇文件的路径，例如current_dir

如何做到这一点？Snakemake 中是否还有其他我不知道的全局变量？

谢谢

Answer 1

工作目录是通过 Python 设置的。你可以得到它os.getcwd()。另请注意，有一种组织 Snakemake 工作流程的规范方法：http: //snakemake.readthedocs.io/en/latest/project_info/faq.html#what-is-the-recommended-way-to-distribute-a-蛇制作工作流程。

虽然您当然可以使用其他东西，但遵循此方案可以帮助其他人了解您的工作流程。当然，可能存在不适合的情况。