python - 在 Snakemake 中全局加载 R 库

Question

我目前正在使用 Snakemake 构建我的 NGS 管道，并且在加载 R 库时遇到了问题。我的规则调用的几个脚本需要加载 R 库。由于我发现无法全局加载它们，它们被加载到 R 脚本中，当我在几个单独的输入文件上运行相同的规则集时，这当然是多余的计算时间。

有没有办法保留一个 R 会话来执行多个规则并预先加载所有必需的库？

干杯，祖普

Answer 1

恐怕不是。这在 (a) 本地系统（绕过 Python GIL）和 (b) 集群系统（调度到单独的节点）上具有性能原因。即使在本地机器上有解决方案，也需要注意并行作业之间不共享会话。如果你真的需要保护那个时间，我建议合并这些脚本。