snakemake - 在蛇形通配符中使用正则表达式

Question

我在蛇形通配符中使用正则表达式，但遇到了一个我不明白的错误。

在这个缩短的示例中，它可以工作：

rule graphviz:
    input: "{graph}.dot"
    output: "{graph}.{ext,(pdf|png)}"
    shell: "dot -T{wildcards.ext} -o {output} {input}"

在此示例中，它不会：

## This is working
rule fastqc:
    input: "{reads}.fastq"
    output: "{reads}_fastqc/{sample}_fastqc.html"
    shell:"fastqc --format fastq {input}"

## This is not working
rule fastqc:
    input: "{reads}.{ext,(bam|fastq)}"
    output: "{reads}_fastqc/{sample}_fastqc.html"
    shell:"fastqc --format {wildcards.ext} {input}"

我附上了我收到的错误消息的屏幕截图。谢谢你的帮助。