r - 使用 identify.hclust() 获取切割高度

Question

我正在手动切割从hclustR 中创建的树状图，使用identify.hclust. 该函数的默认返回是每组中观察的 ID。我需要这些信息，但我也需要知道这个组的高度。有什么办法吗？非常感谢！

可重现的数据：

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))
plot(hca, hang=-1, sub="", xlab="", labels=F)
heightsAndIDs = identify(hca) #Gives only IDs

例如，我使用以下高度切割树状图，identify并希望获得分支的合并高度：

segments(3,2,8, col="red")
segments(15,1,18, col="green")
segments(20,1,24,col="blue")
segments(38,1.5,45,col="purple")
segments(75, 1.5, 82,col="cyan")

Answer 1

我怀疑您可以从这两个函数heights_per_k.dendrogram和get_branches_heightsR 包dendextend中得到答案。

这是一个小例子：

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))

library(dendextend)

例如：

> sort(heights_per_k.dendrogram(dend))[1:7]
          100            99            98 
0.00002485728 0.00010400211 0.00020365009 
           97            96            95 
0.00118445439 0.00180321776 0.00215161572 
           94 
0.00230368982 
> sort(heights_per_k.dendrogram(dend), T)[1:7]
        1         2         3         4         5 
4.6163377 4.6162976 3.1585161 1.8779138 1.3384979 
        6         7 
1.1705453 0.9620798 

这是否为您提供了获得答案的工具？