我有一个在命令行中运行良好的管道
snakemake -l --snakefile snakemake_example/sankefile_test9.txt
我希望能够在集群上使用它。该管道采集样本（在配置文件中指定），并运行几个处理步骤 - 这是一个 RNA-Seq 管道。我尝试使用这两种不同的方式提交到集群
第一次尝试
snakemake --snakefile sankefile_test9_config.txt --jobs 999 --cluster 'bsub -q bio -R "rusage[mem=4000]"'
第二次尝试
snakemake --snakefile sankefile_test9_config.txt --cluster 'bsub -q bio' -j
产生以下输出
提供的集群节点：48
作业计数：
count jobs
1 all
2 collate_barcodes 2
correct_counts
2 count_reads
2 dedup_counts
2 extract_gz_samples
2 mark_duplicaticates
2 move_bc
2 run_cutadapt
2 star_mapping
19
rule extract_gz_samples：
输入：cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R1.fastq.gz/Spindle_Mq_M R2.fastq.gz
输出：cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R1.fastq、cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R2.fastq
通配符：sample=cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1
内存预留为（MB）：2048
内存限制为（MB）：2048
规则extract_gz_samples：
输入：cluster_fastq/WT_M_DT_T_393.R1.fastq.gz，cluster_fastq/WT_M_DT_T_393.R2.fastq.gz
输出：cluster_fastq/WT_M_DT_T_393.R1.fastq， cluster_fastq/WT_M_DT_T_393.R2.fastq
通配符：sample=cluster_fastq/WT_M_DT_T_393
内存预留为 (MB)：2048
内存限制为 (MB)：2048
最多等待 5 秒丢失文件。
线程 Thread-1 中的异常：
回溯（最后一次调用）：
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site-packages/snakemake/dag.py”，第 257 行，在 check_and_touch_output
wait_for_files（扩展输出，latency_wait=wait）
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site-packages/snakemake/io.py”，第 341 行，在 wait_for_files
latency_wait，“\n”.join(get_missing())))
OSError：5 秒后丢失文件：
cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R1.fastq
cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R2.fastq
在处理上述异常的过程中，又出现了一个异常：
Traceback（最近一次调用最后）：
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/threading.py”，第 914 行，在 _bootstrap_inner
self.run()
文件“/apps/RH6U4/python /3.5.2/lib/python3.5/threading.py”，第 862 行，在运行 self._target(*self._args, **self._kwargs)
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib /python3.5/site-packages/snakemake/executors.py”，第 517 行，在 _wait_for_jobs self.finish_job(active_job.job)
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site- packages/snakemake/executors.py”，第 426 行，finish_job
super().finish_job(job, upload_remote=False) 文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site-packages/snakemake /executors.py”，第 153 行，在 finish_job 中
super().finish_job(job, upload_remote=upload_remote) 文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site-packages/snakemake/executors.py”，第 111 行，在 finish_job
self.dag .check_and_touch_output(job, wait=self.latency_wait)
文件“/apps/RH6U4/python/3.5.2/lib/python3.5/site-packages/snakemake/dag.py”，第 259 行，在 check_and_touch_output 中
引发 MissingOutputException(str (e), rule=job.rule)
snakemake.exceptions.MissingOutputException：5秒后丢失文件：
cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R1.fastq
cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R2.fastq^C^H^C根据用户请求终止进程。
完成当前正在运行的作业后将退出。
删除失败作业 extract_gz_samples 的输出文件，因为它们可能已损坏：
cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R1.fastq、cluster_fastq/Zelzer_M_Spindle_M_1.R2.fastq
删除失败作业 extract_gz_samples 的输出文件，因为它们可能已损坏：
cluster_fastq/WT_M_DT_T_393.R1.fastq、cluster_fastq /WT_M_DT_T_393.R2.fastq
此时，程序似乎卡住了（请参阅^C^H^C，我的休息） - 如果我使用 （在另一个会话中）检查作业bjobs，队列中没有作业。
知道为什么会发生这种情况以及如何调试它吗？