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我有一个程序可以根据列上的条件列表从数据框中提取项目（请参阅使用 (column_name = value) 列表给出的条件从 R 数据框中提取项目）：

以下是数据框和条件列表：

> experimental_plan_1
  lib genotype treatment replicate
1   A       WT    normal         1
2   B       WT       hot         1
3   C      mut    normal         1
4   D      mut       hot         1
5   E       WT    normal         2
6   F       WT       hot         2
7   G      mut    normal         2
8   H      mut       hot         2
> condition_1 <- list(genotype="WT", treatment="normal")

我的目标是提取与lib列表中给出的标准相对应的行的列中的值。

我可以使用以下函数来提取想要的值：

> get_libs <- function(experimental_plan, condition) {experimental_plan[apply((experimental_plan[, names(condition)] == condition), 1, all), "lib"]}

这适用于上述数据框：

> get_libs(experimental_plan_1, condition_1)
[1] A E
Levels: A B C D E F G H

但是，我希望这个更笼统：我的experimental_plan和condition可以有不同的列：

> experimental_plan_2
  lib genotype replicate
1   A       WT         1
2   B       WT         2
3   C       WT         3
4   D      mut         1
5   E      mut         2
6   F      mut         3
> condition_2 <- list(genotype="WT")

这次失败了：

> get_libs(experimental_plan_2, condition_2)
Error in apply((experimental_plan[, names(condition)] == condition), 1,  : 
  dim(X) must have a positive length

在这种情况下，预期的输出应该是：

[1] A B C
Levels: A B C D E F

如何编写一个以更健壮的方式执行相同操作的函数？

评论

尽管两种情况非常相似，但我发现该函数不起作用，这让我感到非常沮丧：两个数据框都有一个lib列，并且在这两种情况下，条件列表中的名称都对应于数据框中的列名。

当从数据框中提取的列数减少到一时，R 显然会自动将 data.frame 转换为因子：

> class(experimental_plan_1)
[1] "data.frame"
> class(experimental_plan_2)
[1] "data.frame"
> class(names(condition_1))
[1] "character"
> class(names(condition_2))
[1] "character"
> class(experimental_plan_1[, names(condition_1)])
[1] "data.frame"
> class(experimental_plan_2[, names(condition_2)])
[1] "factor"

这违背了最小意外原则。当给定相同类型的输入时，我希望计算返回相同类型的输出。

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