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有没有办法防止snakemake为尚不存在的输出创建目录？

fimo如果目录已经存在，则 MEME 套件在运行结束时会令人讨厌地失败。

我的解决方法是为fimo输出提供与我指定的目录不同的目录，output但想知道是否有更直接/优雅的解决方案。

给出的例子：

    rule generate_scan:
        output:
            PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
        params:
            genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
            motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
            tmp = 'results/tmp_fimo'
        shell:
            '/home/hjp/meme/bin/fimo'
            ' -o {params.tmp}'
            ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
            ' {params.motif_database}'
            ' {params.genome}'
            ' && '
            'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
            ' && '
            'rm -rf {params.tmp}'

提前致谢！

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1 回答 1

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目前，您无法在 Snakemake 中直接阻止这种情况（大多数工具宁愿反过来抱怨）。rm -r但是，我只是在输出目录上添加 fimo 的实际调用。

于 2016-11-22T08:51:02.340 回答