2

我很难尝试使用该sj.plot包从四个非嵌套线性随机效应模型中生成具有四个系数图的网格。我没有嫁给这个包，所以请随意建议其他路线（ggplot2比解决方案更好coefplot2::coefplot2）。

期望的输出：四个系数的图彼此相邻的网格。

复制模型：

data("sleepstudy")
sleepstudy$var2 <- rnorm(n=nrow(sleepstudy), mean=0, sd=1)
sleepstudy$var3 <- rnorm(n=nrow(sleepstudy), mean=10, sd=5)
M1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), data=sleepstudy, REML = FALSE)
M2 <- lmer(Reaction ~ Days + var2 + (1|Subject), data=sleepstudy, REML = FALSE)
M3 <- lmer(Reaction ~ Days + var3 + (1|Subject), data=sleepstudy, REML = FALSE)
M4 <- lmer(Reaction ~ Days + var2 + var3 + (1|Subject), data=sleepstudy, REML = FALSE)

重现问题。尝试 #1 ( sjp.lmm)

> sjp.lmm(M1, M2, M3, M4)
Computing p-values via Kenward-Roger approximation. Use `p.kr = FALSE` if computation takes too long.
Computing p-values via Kenward-Roger approximation. Use `p.kr = FALSE` if computation takes too long.
Error in data.frame(betas, p = ps, pa = palpha, shape = pointshapes, grp = fitcnt,  : 
  arguments imply differing number of rows: 3, 2, 1

重现问题。尝试 #2 ( sjp.lmer+ plot_grid)

plot.1 <- sjp.lmer(fit=M1,type="fe.std",
                   p.kr=FALSE,
                   sort.est = "sort.all",
                   y.offset = 0.4,
                   fade.ns = TRUE,
                   facet.grid = T)
plot.2 <- sjp.lmer(fit=M2,type="fe.std",
                   p.kr=FALSE,
                   sort.est = "sort.all",
                   y.offset = 0.4,
                   fade.ns = TRUE,
                   facet.grid = T)
plot.3 <- sjp.lmer(fit=M3,type="fe.std",
                   p.kr=FALSE,
                   sort.est = "sort.all",
                   y.offset = 0.4,
                   fade.ns = TRUE,
                   facet.grid = T)
plot.4 <- sjp.lmer(fit=M4,type="fe.std",
                   p.kr=FALSE,
                   sort.est = "sort.all",
                   y.offset = 0.4,
                   fade.ns = TRUE,
                   facet.grid = T)
plot_grid(list(plot.1,plot.2,plot.3,plot.4))

> plot_grid(list(plot.1,plot.2,plot.3,plot.4))
Error in gList(list(wrapvp = list(x = 0.5, y = 0.5, width = 1, height = 1,  : 
  only 'grobs' allowed in "gList"

有没有办法获得这个情节？版本：[6] sjPlot_2.1.1, ggplot2_2.1.0, lme4_1.1-12, sjmisc_2.0.1, gridExtra_2.2.1, dplyr_0.5.0.

4

2 回答 2

2

sjPlot 函数的返回值同时返回数据框和绘图对象，因此您必须在参数中访问绘图对象：

plot_grid(list(plot.1$plot, plot.2$plot, plot.3$plot, plot.4$plot))

在此处输入图像描述

编辑： 我看到你在sjp.lmm()函数中发现了一个错误并且可以修复它。如果您从 GitHub ( https://github.com/sjPlot/devel ) 下载最新的快照，这将起作用：

sjp.lmm(M1, M2, M3, M4)

在此处输入图像描述

于 2016-11-12T08:13:30.810 回答
0

我对这门课一无所知sjPlot，但它看起来像是将一堆东西捆绑到列表中的情节中。plot_grid,grid.arrange等不知道如何处理多余的东西，但他们可以处理ggplot部分，这被称为plot：

plot_grid(lapply(list(plot.1,plot.2,plot.3,plot.4), "[[", "plot"))

我有点惊讶，因为似乎至少有一些捆绑的信息是重复的。例如，plot.1$data有一个小数据框，它似乎是已经与绘图捆绑在一起的数据的副本（或子集？）plot.1$plot$data。也许它更加不同，并且在更复杂的情况下有充分的理由。

于 2016-11-11T17:33:05.343 回答