snakemake - 使用“snakemake --config”将标志传递给命令

Question

我已经阅读了 Snakemake 教程，我很清楚如何使用“snakemake --config ...”来修改参数，并将这些参数传递给正在执行的命令。我可以使用“--config”将标志传递给命令吗？例如，我可以编写一个 Snakefile 来执行这些命令中的任何一个，基于使用“--config”吗？

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa -msf

Answer 1

是的，从 Snakemake 的 shell 命令定义中，您可以直接访问配置：

rule a:
    input: ...
    output: ...
    shell:
        "muscle -in {input} -out {output} {config[muscle-params]}"

假设您调用snakemake --config muscle-params="-msf" 或（甚至更好）在配置文件中定义了密钥。