r - 如何在 R 中生成与此类似的抖动图？

Question

我想在 R 中重现一个类似于 Zack 等人的图 1a 中描述的抖动图，Nature Genetics，2013：

我尝试了 beeswarm functino 和 pirate 功能。beeswarm 函数将点排列成直线，它们看起来就像画了一条线。我还尝试了 Pirateplot 函数，我通常喜欢它，但是，我没有弄清楚如何根据参考论文中的绘图中的 y 轴上的值来更改不同点的颜色。

最终，这些点应该像海盗图一样分散，但根据它们在 y 轴上的值进行颜色编码。

有人有什么建议吗？

谢谢汤姆

Answer 1

我认为 ggplot2 是创建抖动图的最佳软件包。

ids <- c(
  rep("id1", 20), 
  rep("id2", 20), 
  rep("id3", 20)
)

values <- runif(60)

classes <- c(
  rep("class1", 30), 
  rep("class2", 30)
)

data <- data.frame(ids, values, classes)

library(ggplot2)

ggplot(data) +
  geom_jitter(
    aes(ids, values, color = classes), 
    width = 0.1
  )