python - 尝试将 xarray 写入 netcdf 时出现“ValueError：chunksize 不能超过维度大小”

Question

尝试将 xarray 对象写入 netcdf 文件时出现以下错误：

"ValueError: chunksize cannot exceed dimension size"  

数据对我的记忆来说太大了，需要分块。
套路基本如下：

import xarray as xr  
ds=xr.open_dataset("somefile.nc",chunks={'lat':72,'lon':144}  
myds=ds.copy()
#ds is 335 (time) on 720 on 1440 and has variable var  
def some_function(x):
  return x*2
myds['newvar']=xr.DataArray(np.apply_along_axis(some_function,0,ds['var']))  
myds.drop('var')  
myds.to_netcdf("somenewfile.nc")

所以基本上，我只是操纵内容并重写。然而，大块似乎很糟糕。与重新分块到一个数组相同。我也不能重写ds。知道如何追踪错误或解决这个问题吗？

netCDF4 版本是 1.2.4
xarray（以前的 xray）版本是 0.8.2
dask 版本是 0.10.1

Answer 1

这是写入命令中的引擎问题。如果您使用块，则需要将引擎从 netcdf4（默认）更改为 scipy！

myds.to_netcdf("somenewfile.nc",engine='scipy')

netcdf4 包无法编写此类文件。