r - 如何绘制 MASS:qda 分数

Question

从这个问题，我想知道是否可以提取二次判别分析（QDA）分数并在像 PCA 分数之后重用它们。

## follow example from ?lda
Iris <- data.frame(rbind(iris3[,,1], iris3[,,2], iris3[,,3]),
                   Sp = rep(c("s","c","v"), rep(50,3)))
set.seed(1) ## remove this line if you want it to be pseudo random
train <- sample(1:150, 75)
table(Iris$Sp[train])
## your answer may differ
##  c  s  v
## 22 23 30

在此处使用 QDA

z <- qda(Sp ~ ., Iris, prior = c(1,1,1)/3, subset = train)

## get the whole prediction object
pred <- predict(z)
## show first few sample scores on LDs

在这里，您可以看到它不起作用。

head(pred$x)
# NULL
plot(LD2 ~ LD1, data = pred$x)
# Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'LD2' not found

Answer 1

注意：评论太长/格式太长。不是答案

你可能想试试这个rrcov包：

library(rrcov)

z <- QdaCov(Sp ~ ., Iris[train,], prior = c(1,1,1)/3)
pred <- predict(z)
str(pred)
## Formal class 'PredictQda' [package "rrcov"] with 4 slots
##   ..@ classification: Factor w/ 3 levels "c","s","v": 2 2 2 1 3 2 2 1 3 2 ...
##   ..@ posterior     : num [1:41, 1:3] 5.84e-45 5.28e-50 1.16e-25 1.00 1.48e-03 ...
##   ..@ x             : num [1:41, 1:3] -97.15 -109.44 -54.03 2.9 -3.37 ...
##   ..@ ct            : 'table' int [1:3, 1:3] 13 0 1 0 16 0 0 0 11
##   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. .. ..$ Actual   : chr [1:3] "c" "s" "v"
##   .. .. ..$ Predicted: chr [1:3] "c" "s" "v"

它还具有可能有用的强大的 PCA 方法。

不幸的是，并非 R 中的每个模型都符合相同的对象结构/API，这也不是线性模型，因此不太可能符合线性模型拟合结构 API。

这里有一个如何可视化 qda 结果的示例 — http://ramhiser.com/2013/07/02/a-brief-look-at-mixture-discriminant-analysis/

而且，你可以这样做：

library(klaR)

partimat(Sp ~ ., data=Iris, method="qda", subset=train)

对于 qda 结果的分区图。