我想做相当于将 gpm(每英里加仑 = 1/mpg)模型拟合到 mtcars 数据集中的 wt。这似乎很容易:
data(mtcars)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(broom)
library(ggplot2)
library(scales)
mtcars2 <-
mtcars %>%
mutate(gpm = 1 / mpg) %>%
group_by(cyl, am)
lm1 <-
mtcars2 %>%
do(fit = lm(gpm ~ wt, data = .))
正如预期的那样,这让我得到了一个有 6 行的行数据框。
该图确认有六组:
p1 <-
qplot(wt, gpm, data = mtcars2) +
facet_grid(cyl ~ am) +
stat_smooth(method='lm',se=FALSE, fullrange = TRUE) +
scale_x_continuous(limits = c(0,NA))
我可以使用 augment() 来获得拟合输出:
lm1 %>% augment(fit)
正如预期的那样,这给了我 32 行,mtcars2 中的每一行。
现在的挑战:我想使用 newdata 获得拟合输出,其中我将 wt 增加了 cyl/4:
newdata <-
mtcars2 %>%
mutate(
wt = wt + cyl/4)
我希望这将产生一个与 lm1 %>% augment(fit) 大小相同的数据框:newdata 中的每一行对应一行,因为 broom 将通过分组变量 cyl 和 am 匹配模型和 newdata。
很遗憾,
pred1 <-
lm1 %>%
augment(
fit,
newdata = newdata)
给了我一个包含 192 行(= 6 x 32)的数据框,显然每个模型都适合每一行 newdata。
从其他地方阅读,我收集到 group_by 和 rowwise 数据帧不兼容,因此 lm1 未分组,并且 augment 无法关联模型和 newdata。是否有另一种设计模式可以让我这样做?如果它像上述尝试一样简单透明,那就太好了,但更重要的是它可以工作。
这是我的 sessionInfo():
> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] scales_0.4.0 ggplot2_2.1.0 broom_0.4.1 tidyr_0.6.0 dplyr_0.5.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.7 magrittr_1.5 mnormt_1.5-4 munsell_0.4.3
[5] colorspace_1.2-6 lattice_0.20-34 R6_2.1.3 stringr_1.1.0
[9] plyr_1.8.4 tools_3.3.1 parallel_3.3.1 grid_3.3.1
[13] nlme_3.1-128 gtable_0.2.0 psych_1.6.9 DBI_0.5-1
[17] lazyeval_0.2.0 assertthat_0.1 tibble_1.2 reshape2_1.4.1
[21] labeling_0.3 stringi_1.1.1 compiler_3.3.1 foreign_0.8-67
编辑:
@aosmith:我一直在探索你的第二个选择,我喜欢它。但是,当我在我的真实数据上尝试它时,我在 mutate 命令中遇到了一个问题:它返回“错误:扩充不知道如何处理类列表的数据”。
我的真实代码更像是:
newdata %>%
dplyr::select(cyl, am, wt) %>% # wt holds new predictor values
group_by(cyl, am) %>%
nest() %>%
inner_join(regressions, .) %>%
## looks like yours at this point
mutate(pred = list(augment(fit, newdata = data))) %>% # Error here
unnest(pred)
我说它看起来像你的,我的意思是我有以下列(为了保持一致而在此重命名):ID (chr)、attr1 (dbl)、cyl (dbl)、am (chr)、fit (list) 和 data (列表)。你有 cyl、am (dbl)、fit 和 data。我将我的 am 更改为 dbl,但这并没有帮助。
我认为不同之处在于我在此样本中有 3 个(ID ...类似于 mtcars 中的行名)x 2(cyl)x 2(am)个单位(每个样本有 12 个测量值),而 mtcars 示例有 3 个(cyl) x 2 (am) 单元格 x 每个单元格的汽车类型随机数。在我的分析中,我需要查看 ID 值,但 newdata 同样适用于所有单位。如果有帮助,可以把它想象成测试中每辆车的逆风速度。这是否暗示了增强的抱怨它无法处理类列表数据的原因?
编辑:将 ID 与 newdata 合并(使用 full=TRUE)解决了最后一个问题。我目前正在使用您提出的第一个解决方案。