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我有一个 BAM 文件，在某个位置读取 520817（如 IGV 所示）。但是，当我使用 pysam 获取特定位置上的读取名称和相关核苷酸时，到目前为止我没有得到那个数量（仅获得大约 7000 个读取）。我认为只有当该位置上的核苷酸与参考基因组不同时，我才会得到读数。有没有解决方法，所以我得到了所有的读数？我从生物信息学开始......所以请让我知道你需要什么来帮助我！

非常感谢！

这是我的代码：

import pysam
import csv
import sys

#---Get a table with in the first column: read-ID; second column: SNP-location; third column: nucleotide---#
mybam = pysam.AlignmentFile("file.bam", "rb")
w = csv.writer(open("snp.csv", "wb"), delimiter=",")
w.writerow(["Read", "Loc", "Nucl"])
for pileupcolumn in mybam.pileup('chr6', 29911198,29911199):
    print ("\ncoverage at base %s = %s" %
           (pileupcolumn.pos, pileupcolumn.n))
    for pileupread in pileupcolumn.pileups:
        if not pileupread.is_del:
            if pileupcolumn.pos == 29911198:
                w.writerow((pileupread.alignment.query_name, 29911198, pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position]))             
                print ('\tbase in read %s = %s' % (pileupread.alignment.query_name, pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position]))

mybam.close()
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检查 IGV 选项 View-->Preference-->Alignment，一些“过滤 xxxx”选项（重复、二级对齐、低质量）可能会改变输出。

通常 pysam 不会使用 BAM_FUNMAP、BAM_FSECONDARY、BAM_FQCFAIL、BAM_FDUP 标志堆积读取，因此请确保您的 IGV 视图选项与 pysam.AlignmentFile.pileup 中的选项相同。否则，它们可能会产生不同的输出。

于 2018-06-30T09:20:10.953 回答