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我们使用 Google Genomics ReadGroupSets 来存储我们的对齐数据（BAM 文件），它运行得非常好，直到昨天......

昨天（2016 年 8 月 29 日）我们的导入作业（方法：readgroupsets.import）开始处于“运行”状态，但直到现在还没有达到“完成”或错误消息。

还有其他人遇到同样的问题吗？

例如：作业运行 1 天，没有显示错误消息。

$ gcloud alpha genomics operations describe identifier

done: false
metadata:
  '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.OperationMetadata
  clientId: ''
  createTime: '2016-08-30T01:08:57.000Z'
  events: []
  projectId: xxxxxxx
  request:
    '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.ImportReadGroupSetsRequest
    datasetId: 'xxx'
    partitionStrategy: PER_FILE_PER_SAMPLE
    referenceSetId: ''
    sourceUris:
    - gs://xxx/yyy/zzz.bam
name: operations/identifier

昨天我们在从 Google 存储中的对象获取“公共链接”时也遇到了临时问题，但现在这个问题还可以。

编辑：我还尝试使用 gcloud cli 触发导入作业，指向另一个数据集和另一个云项目，但这些作业仍处于“运行”状态。

编辑2 ：我使用 Google Genomics 大约 3 个月，并成功导入了 400 多个比对。只有这周我遇到了问题。

编辑3：已解决。我所有的工作都顺利结束了。

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2 回答 2

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对于那个很抱歉。ReadGroupSets 导入当前不起作用，请参阅https://groups.google.com/forum/#!topic/google-genomics-discuss/aWV8NjAbaFg

于 2016-08-31T16:49:25.540 回答
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昨天下午有一个积压，我没有看到你甚至没有开始阶段。我会取消操作并重新提交。

保罗

于 2016-08-31T00:14:15.093 回答