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我正在尝试将PySB与 Anaconda3 和 Windows7 一起使用。我已将相关依赖项（numpy、scipy、sympi、perl）添加到工作环境中。但是我在 BioNetGen 程序上苦苦挣扎。我已经下载了它，并添加了 BNG 的路径，但我无法将它添加到我的环境中。

这是我尝试过的：

>conda search bionetgen

Using Anaconda Cloud api site http....
Fetching package metadata...

然后什么也没有发生。

>pip install bionetgen
Collecting bionetgen

然后错误信息：

Could not find a version that satisfies the requirement bionetgen (from versions: )
No matching distribution found for bionetgen

最后，我尝试了：

>easy_install bionetgen
Processing bionetgen...
error: could not find a setup script in C:\....

但是我可以手动打开 BioNetGen 程序并获取 gui，因此我认为它已正确安装。我只是不知道如何将它添加到 anaconda。BioNetGen 是在 perl 上运行的问题吗？

有一个 Virtual Box 可用于可视化 pysb 模型，但我更愿意手动安装依赖项。

谢谢你的帮助！

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1 回答 1

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是的，BioNetGen 本身是用 Perl 编写的，因此不能通过 pip 或其他 Python 包管理器安装。您需要为您的平台下载BioNetGen 命令行界面，然后按照PySB 安装文档中的说明将其安装到 PySB 可以找到的位置：

将解压缩的 BioNetGen-xyz 文件夹重命名为 justBioNetGen并将其移动到 /usr/local/share（Mac 或 Linux）或 C:\Program Files (Windows)。如果您想将其放在其他位置，请将 BNGPATH环境变量设置为 BioNetGen-xyz 文件夹的完整路径。

你提到了 BioNetGen“GUI”，这让我相信你下载的是 RuleBender GUI 界面而不是命令行工具。PySB 文档没有明确说明您需要命令行工具——我们肯定会纠正这种疏忽。

于 2016-08-06T17:52:04.770 回答