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我想使用 ggplot2 将 OHS 事件映射到医院平面图的 PNG 上。我尝试将这张非地理地图作为 ggimage 阅读。

ICU平面图

到目前为止，我已经使用我拥有的数据集 (14462) 观察结果尝试了以下操作。

示例数据集

toy <- data.frame(patient_ID = c(1001,1001,1002,1003,1004), 
               SEX = c("M","M","F","F","F"),
              phenotype = c("Psychiatric","Psychiatric", "Cardio",
                            "Cancer","Psychiatric"),
                            x = c(0.5737, 0.5737, 0.6968, 0.4704, 0.6838),
                            y= c(0.3484, 0.3484, 0.62, 0.5216, 0.2486))

我曾尝试将文件作为光栅读取，然后使用 ggmaps，但困难不是传说。

library(ggmap)
library(png)
library(ggplot2)
library(data.table)

toy <- fread("toy.csv")

# read in image 

r <- readPNG("ICU-crop.png")

#use ggimage to convert to plot and add gender
ggimage(r, scale_axes = TRUE) +
  geom_point(aes(x = x, y = y, colour = SEX), data = toy,
             size = I(1), fill = NA)

我真的很想使用 ggplot 但需要图例。我不确定我可以使用哪些其他方法在 PNG 上绘制 ggplot。

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真正的“魔力”就fullpage=FALSE在对 的调用中ggimage()，但是你必须清理一下轴：

ggimage(r, fullpage = FALSE, scale_axes = TRUE) +
 geom_point(aes(x = x, y = y, colour = SEX), 
            data = toy, size = I(1), fill = NA) +
  labs(x=NULL, y=NULL) +
  theme(axis.text=element_blank()) +
  theme(axis.ticks=element_blank())

在此处输入图像描述

你也应该清理一下图例，我建议稍微减轻基础图像，因为很难看到它和你要覆盖的颜色之间的对比度（除非它们是大物体）。

于 2016-07-10T11:54:31.137 回答