r - 生物信息学：如何将 Limma 与 3 组（病例/对照、年龄和性别）进行对比

Question

我是一名学生，我怀疑如何使用Limma来对比差异基因表达来评估我的三个变量：疾病（病例/对照）、性别（男性/女性）和年龄。

我的数据是这样的：（三栏分别是性别、年龄和疾病）

头（pData（gse））

数据在这里：

我知道在我的可变疾病上建立我的实验：

    design= model.matrix(~ pData(gse)[,"disease"])
    colnames(design)= c("control", "case")

    fit= lmFit(gse, fesign)
    fit1= eBayes(fit)

    topTable(fit1, coef=2, adjust="BH", number= as.numeric(dim(gse)[1]))

但是，我怎样才能用我的 3 个变量来对比 Limma？感谢您的帮助！

age= pData(gse)[,"age"]
gender= pData(gse)[,"gender"]
disease= pData(gse)[,"disease"]

age.group= ifelse(age>40,"over40", "under40")

design = model.matrix(~0 + disease + gender + gender:age)

contr.matrix <- makeContrasts(  **???**