我是生物专业的,最近才为研究工作进行主要编码。为了支持研究,我们的校园有一台供研究人员使用的校园超级计算机。我从这台超级计算机远程工作,它使用 linux shell 访问它并提交作业。我正在使用安装在计算机上的名为 Mauve 的程序编写用于对齐许多基因组的作业提交脚本。现在,我以前在 Mauve 上运行过一项工作,并且已经更改了该工作的脚本以适应该工作。只有这一次我不断收到这个错误
Storing raw sequence at
/scratch/addiseg/Elizabethkingia_clonalframe/rawseq16360.000
Sequence loaded successfully.
GCA_000689515.1_E27107v1_PRJEB5243_genomic.fna 4032057 base pairs.
Storing raw sequence at
/scratch/addiseg/Elizabethkingia_clonalframe/rawseq16360.001
Sequence loaded successfully.
e.anophelisGCA_000496055.1_NUH11_genomic.fna 4091484 base pairs.
Caught signal 11
Cleaning up and exiting!
Temporary files deleted.
所以我不知道如何解决这个问题。如果这是超级基本且浪费时间,我很抱歉,但我不知道如何在远程站点解决此问题。到目前为止,我看到的所有可能的解决方案都要求我访问我无法控制的硬件或软件。我目前的提交脚本是这样的。
module load mauve
progressiveMauve --output=8elizabethkingia-alignment.etc.xmfa --output-guide-tree=8.elizabethkingia-alignment.etc.tree --backbone-output=8.elizabethkingia-alignment.etc.backbone --island-gap-size=100 e.anophelisGCA_000331815.1_ASM33181v1_genomicR26.fna GCA_000689515.1_E27107v1_PRJEB5243_genomic.fna e.anophelisGCA_000496055.1_NUH11_genomic.fna GCA_001596175.1_ASM159617v1_genomicsrr3240400.fna e.meningoseptica502GCA_000447375.1_C874_spades_genomic.fna e.meningoGCA_000367325.1_ASM36732v1_genomicatcc13253.fna e.anophelisGCA_001050935.1_ASM105093v1_genomicPW2809.fna e.anophelisGCA_000495935.1_NUHP1_genomic.fna