python - 使用 tSNE 可视化距离矩阵 - Python

Question

我已经计算了一个距离矩阵，我正在尝试两种方法来可视化它。这是我的距离矩阵：

delta =
[[ 0.          0.71370845  0.80903791  0.82955157  0.56964983  0.          0.        ]
 [ 0.71370845  0.          0.99583115  1.          0.79563006  0.71370845
   0.71370845]
 [ 0.80903791  0.99583115  0.          0.90029133  0.81180111  0.80903791
   0.80903791]
 [ 0.82955157  1.          0.90029133  0.          0.97468433  0.82955157
   0.82955157]
 [ 0.56964983  0.79563006  0.81180111  0.97468433  0.          0.56964983
   0.56964983]
 [ 0.          0.71370845  0.80903791  0.82955157  0.56964983  0.          0.        ]
 [ 0.          0.71370845  0.80903791  0.82955157  0.56964983  0.          0.        ]]

考虑从1到7的标签，1真的接近6和7并且更远的形式4。

起初我尝试使用 tSNE 降维：

from sklearn.preprocessing import normalize
from sklearn import manifold
from matplotlib import pyplot as plt
from matplotlib.lines import Line2D

import numpy

model = manifold.TSNE(n_components=2, random_state=0, metric='precomputed')
coords = model.fit_transform(delta)

cmap = plt.get_cmap('Set1')
colors = [cmap(i) for i in numpy.linspace(0, 1, simulations)]

plt.figure(figsize=(7, 7))
plt.scatter(coords[:, 0], coords[:, 1], marker='o', c=colors, s=50, edgecolor='None')

markers = []
labels = [str(n+1) for n in range(simulations)]
for i in range(simulations):
    markers.append(Line2D([0], [0], linestyle='None', marker="o", markersize=10, markeredgecolor="none", markerfacecolor=colors[i]))
lgd = plt.legend(markers, labels, numpoints=1, bbox_to_anchor=(1.17, 0.5))
plt.tight_layout()
plt.axis('equal')
plt.show()

这产生了这个情节：

我们可以看到这没有显示1接近6和7。相反，它最接近4。

然后，不确定减少是否停止在某个局部最小值，我尝试绘制图表：

将 networkx 导入为 nx

plt.figure(figsize=(7, 7))

dt = [('len', float)]
A = delta
A = A.view(dt)

G = nx.from_numpy_matrix(A) 
pos = nx.spring_layout(G)

nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_color=colors, node_size=50)

lgd = plt.legend(markers, labels, numpoints=1, bbox_to_anchor=(1.17, 0.5))
plt.tight_layout()
plt.axis('equal')
plt.show()

可以看出，同样的情况也会发生。如果我不断重复这个最新的方法，我最终会得到不同类型的图表：

在这里，我更接近我的期望。然而，任何这些行为似乎都是正确的。无论图形的初始化有多么不同，都应该尊重距离。

所以，我想知道我缺少什么来实现这个距离矩阵的良好表示。

谢谢。