在单独的 AppDomain 中执行应该会使它们之间设置的边界更加安全。它还使 IIS 更容易在不重新启动整个进程的情况下释放/释放资源 - 如果某个特定服务/站点未在使用中，则可以比重新启动 w3wp.exe 更便宜地拆除其 AppDomain。
但是，在这种情况下，BizTalk 似乎试图同时使用这两种方式 - 允许 IIS 通过使用多个 AppDomain 更好地管理安全/内存/程序集加载，但无论何时收到消息请求，都只能继续使用默认的。这似乎是一个设计缺陷，这使得您很难看到您何时想要不选中该设置。