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我正在使用 LSF 服务器并使用 bsub 命令将 perl 包装脚本运行到 R 脚本。这是我的命令:

bsub -XF -n 1 -R "rusage[mem=16]" -We 60 -J <job_array> -o out.log 'script.pl <script arguments>'

这个 perl 脚本正在调用一个 R 脚本来进行一些计算,然后打印一个 PNG 图。R 在我们的 LSF 集群上设置为不允许在未启用 X11 转发的情况下启动 PNG 设备。我启用了 X11 转发,在我想使用 Job 数组之前它工作正常。根据 LSF 手册,作业数组与 X11 转发不兼容。

这将要求我们更改脚本以写入 PDF 文件而不是 PNG,但是,我们不想更改我们当前使用的脚本,因为它们是更大的、公开可用的管道的一部分,我们不想要任何公开可用的版本和本地安装的版本之间的差异。

无论如何我们可以使用 R 编写 PNG 图而不使用 X11 转发吗?

谢谢!

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