r - 有人可以解释 R 中 pvclust 函数的输出吗？

Question

在 R 的pvclust包中，有pvclust()函数。在函数帮助文件中提供的示例中，有函数：

boston.pp <- pvpick(boston.pv)

这应该打印出具有高 p 值的集群。这个函数的输出是：

$clusters
$clusters[[1]]
[1] "rm"   "medv"

$clusters[[2]]
[1] "zn"  "dis"

$clusters[[3]]
[1] "crim"    "indus"   "nox"     "age"     "rad"     "tax"     "ptratio" "lstat"  


$edges
[1] 3 5 9

我很难理解输出的含义，特别是因为我在聚类分析方面的技术背景非常有限。特别是，我不明白每个集群下名称向量的含义。有人可以为我解释一下吗？谢谢！

Answer 1

https://cran.r-project.org/web/packages/pvclust/pvclust.pdf 描述了 pvclust：

对于表示为 (nxp) 矩阵或数据框的数据，我们假设数据是要聚类的 p 个对象的 n 个观测值。第 i 个行向量对应于这些对象的第 i 个观察值，第 j 个列向量对应于大小为 n 的第 j 个对象的样本

pvpick 的输出：

cluster - 字符串向量列表。每个向量对应于每个簇中对象的名称。

您是否绘制了 pvclust 输出的树状图？pvpickclusters输出仅列出某个集群中的内部点（pvclust 将波士顿数据集中的每一列视为一个点），如果您绘制它，您将在树状图中看到这些点。