我想使用 Emperor 在 QIIME 上下文之外创建交互式 PCoA 图。为此，我需要从我的数据矩阵生成一个排序文件，就像 skbio.stats.ordination.CA 提供的结果一样。
我的数据是细菌菌株（行）和在其基因组中发现的 COG（列）的 pandas DataFrame。每列是一个不同的 COG，每个菌株都有每个 COG 的 0 到 4 个拷贝。矩阵中有很多零，但没有完全由零填充的行或列。
当我尝试stats.ordination.CA按如下方式运行时：
res_ord = stats.ordination.CA(matrix_dm, row_ids=matrix_dm.index, column_ids=cogs)
其中cogs是由matrix_dm列标题组成的熊猫系列。
我收到一个很长的错误，以：'LinAlgError：SVD 没有收敛'结尾
我已经验证我的矩阵不包含任何 NaN 或 Infs。根据其他几个线程，这可能是 scikit-bio 中的一个错误。关于可能发生的事情还有其他想法吗？