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我在 kernlab 包中发现了一些令人费解的行为：估计数学上相同的 SVM 在软件中会产生不同的结果。

为简单起见，此代码片段仅获取 iris 数据并使其成为二进制分类问题。如您所见，我在两个 SVM 中都使用了线性内核。

library(kernlab)
library(e1071)

data(iris)
x <- as.matrix(iris[, 1:4])
y <- as.factor(ifelse(iris[, 5] == 'versicolor', 1, -1))
C <- 5.278031643091578

svm1 <- ksvm(x = x, y = y, scaled = FALSE, kernel = 'vanilladot', C = C)

K <- kernelMatrix(vanilladot(), x)
svm2 <- ksvm(x = K, y = y, C = C, kernel = 'matrix')

svm3 <- svm(x = x, y = y, scale = FALSE, kernel = 'linear', cost = C)

但是，svm1 和 svm2 的摘要信息有很大的不同：kernlab 报告了两个模型之间完全不同的支持向量计数、训练错误率和目标函数值。

> svm1
Support Vector Machine object of class "ksvm" 

SV type: C-svc  (classification) 
 parameter : cost C = 5.27803164309158 

Linear (vanilla) kernel function. 

Number of Support Vectors : 89 

Objective Function Value : -445.7911 
Training error : 0.26 
> svm2
Support Vector Machine object of class "ksvm" 

SV type: C-svc  (classification) 
 parameter : cost C = 5.27803164309158 

[1] " Kernel matrix used as input."

Number of Support Vectors : 59 

Objective Function Value : -292.692 
Training error : 0.333333

为了比较，我还使用 e1071 计算了相同的模型，它为 libsvm 包提供了 R 接口。

svm3

Call:
svm.default(x = x, y = y, scale = FALSE, kernel = "linear", cost = C)


Parameters:
   SVM-Type:  C-classification 
 SVM-Kernel:  linear 
       cost:  5.278032 
      gamma:  0.25 

Number of Support Vectors:  89

It reports 89 support vectors, the same as svm1.

我的问题是 kernlab 包中是否有任何已知的错误可以解释这种不寻常的行为。

（R 的 Kernlab 是一个 SVM 求解器，它允许使用几个预打包的内核函数之一，或用户提供的内核矩阵。输出是对用户提供的超参数的支持向量机的估计。）

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查看一些代码，似乎这是有问题的行：

https://github.com/cran/kernlab/blob/efd7d91521b439a993efb49cf8e71b57fae5fc5a/src/svm.cpp#L4205

也就是说，在用户提供的内核矩阵的情况下，ksvm它只是查看二维，而不是输入的维度。这看起来很奇怪，并且可能是一些测试或其他什么的保留。仅使用二维数据对线性内核进行测试会产生相同的结果：将上面的替换1:4为1:2，输出和预测都一致。

于 2015-12-01T18:00:27.633 回答