2

我正在尝试在我的 R 代码中使用 big.matrix 对象，但是我无法使用 将它们保存到文件中saveRDS，这是我通常保存对象的方式：

> library(bigmemory)
Loading required package: bigmemory.sri
Loading required package: BH

bigmemory >= 4.0 is a major revision since 3.1.2; please see packages
biganalytics and and bigtabulate and http://www.bigmemory.org for more information.

> x <- big.matrix(5, 2, type="integer", init=0,
+ dimnames=list(NULL, c("alpha", "beta")))
> saveRDS(x, "bigmem-test.RDS")
> y <- readRDS("bigmem-test.RDS")
> y
An object of class "big.matrix"
Slot "address":
<pointer: (nil)>

> print(y[])

 *** caught segfault ***
address 0x51, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("GetMatrixAll", x@address)
 2: GetAll.bm(x)
 3: .local(x, ...)
 4: y[]
 5: y[]

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection: 3

我假设 saveRDS 不知何故未能意识到 big.matrix 对象实际上是指向其他内存的指针，并且实际上只是保存了一个指针。有什么办法可以解决这个问题吗？

（我真的不想使用文件支持的 big.matrix 对象，因为我真正要保存的对象是一个包含一个或多个 big.matrix 对象的复杂数据结构，所以我需要每个 big.matrix 对象的支持文件.matrix 包含在对象中，然后对象将被序列化为不确定数量的文件，而不仅仅是一个。）

4

2 回答 2

1

你可以试试

> saveRDS(describe(x), "bigmem-test.RDS")
> y <- attach.big.matrix(readRDS("bigmem-test.RDS"))

我不确定你打算实现什么。以上将在同一个 R 会话中工作。但是如果没有文件备份，你在内存中的任何东西都会在你结束 R 会话后消失，上面的内容将不起作用，因为它指向的任何东西都会消失。

于 2016-02-16T06:06:58.123 回答
0

但是big.memory对象位于外部指针后面，因此它们不受 R 的控制。这意味着您从 R中将它们保存为 RDS 对象的想法从一开始就注定要失败。

您可以将它们转换为消耗大量内存的普通对象，然后编写为 RDS。否则可能会调查filebased.bigmatrix()？

于 2015-09-30T19:31:31.940 回答