r - 更改 R 中 ggplot2 系数图中选择线的颜色

Question

我想根据 R 中的 ggplot2 系数图中的点估计是负数还是正数来更改系数线的颜色。例如：

require(coefplot)
set.seed(123)
dat <- data.frame(x = rnorm(100), z = rnorm(100))
mod1 <- lm(y1 ~ x + z, data = dat)
coefplot.lm(mod1)   

这会产生以下情节：

在这个图中，我想在绘制时将“x”变量更改为红色。有任何想法吗？谢谢。

Answer 1

我认为，你不能用coefplot.lm. 该软件包coefplot用作ggplot2绘图系统，它本身很好，但不允许像您想要的那样轻松地使用颜色。要获得所需的颜色，您需要在数据集中有一个变量来对值进行颜色编码；您需要在使用 CE 绘制点的图层中指定color = color-code函数aes()。coefplot.lm显然，这与函数的输出无关。ggplot2 ggplot_build()也许，您可以使用函数更改颜色。我想说，为这个任务编写自己的函数更容易。

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我已经这样做过一次来绘制赔率。如果你愿意，你可以使用我的代码。随意改变它。思路与中相同coefplot。首先，我们从模型对象中提取系数并准备用于绘图的数据集；第二，实际情节。

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提取系数和数据集准备的代码

df_plot_odds <- function(x){
tmp<-data.frame(cbind(exp(coef(x)), exp(confint.default(x))))
odds<-tmp[-1,]
names(odds)<-c('OR', 'lower', 'upper')
odds$vars<-row.names(odds)
odds$col<-odds$OR>1
odds$col[odds$col==TRUE] <-'blue'
odds$col[odds$col==FALSE] <-'red'
odds$pvalue <- summary(x)$coef[-1, "Pr(>|t|)"]
return(odds)
}

绘制提取函数的输出

plot_odds <- function(df_plot_odds, xlab="Odds Ratio", ylab="", asp=1){
    require(ggplot2)
    p <- ggplot(df_plot_odds, aes(x=vars, y=OR, ymin=lower, ymax=upper),asp=asp) + 
        geom_errorbar(aes(color=col),width=0.1) + 
        geom_point(aes(color=col),size=3)+
        geom_hline(yintercept = 1, linetype=2) +
        scale_color_manual('Effect', labels=c('Positive','Negative'),
                          values=c('blue','red'))+   
        coord_flip() +
        theme_bw() +
        theme(legend.position="none",aspect.ratio = asp)+
        ylab(xlab) +
        xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
    return(p)
}

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绘制你的例子

set.seed(123)
dat <- data.frame(x = rnorm(100),y = rnorm(100), z = rnorm(100))
mod1 <- lm(y ~ x + z, data = dat)
df <- df_plot_odds(mod1)
plot <- plot_odds(df)
plot

哪个产量

请注意，我选择theme_wb()了默认值。输出是一个ggplot2对象。所以，你可能会改变很多。