给出了测量点(y_i
, t_i
)(而在这个最小的例子中,y_i
只有 3 维向量(最初来自 R^6)和t_i
固定时间点。我不得不(不确定代码是否,现在的方式,表示它)应用高斯-牛顿法,以最小化(双)平方误差之和并在拟合系统中找到函数参数aj
(cj
在由函数表示的代码中fitFunc()
)。
当我在我的 C++ 实现中不断获得雅可比矩阵的 Inf 小条目时,我搜索了一个替代方法并偶然发现了nls()
R 中的函数(因为我在使用时遇到了“奇异梯度矩阵”错误nls()
,我切换到了nlsLM()
)
这是最小的示例(仅使用N_0
and N_r
,而原始系统具有 3 个不同的 sumExp 类函数,N_0c
并N_c
调用 in fitfunc()
):
library(stats)
a_param<-c(0.0294, 0.296, 0.0959)
c_param<-c(0.0574, 0.2960142, 0.3199)
time<-c(0,36,48,60,72,96)
N_srt<-55827
N_0 <- function(ti,cj) {N_srt*exp(-cj[1]*ti)}
prod_a<-function (i, aj){ #input i>=2
p<-1
j<-1
while (j<=i-1){
p <-p*aj[j]
j<-j+1
}
p
}
PaarProdukt<-function (j, i, cj){
p<-1
k<-1
while (k<=i){
if (k!=j){
p<-p*1/(cj[k]-cj[j])
}
k<-k+1
}
p
}
sumExp<-function(i, cj, ti){ #input i>=2
s<-0
j<-1
while (j <= i){
s<-s+exp(cj[j])*PaarProdukt(j,i,cj)
j<-j+1
}
s
}
N_r <- function(ti, i, cj, aj ){#i >2
P<-prod_a(i,aj)
S<-sumExp(i,cj,ti)
2^(i-1)*N_srt*P*S
}
#-------------------
givendata<-c(55827,0,0,
18283,12197,0,
11678,15635,19550,
6722,8315,13609,
5104,3316,6282,
715,915,1418)
# as I was annoyed with the fact, that R repliates the vector "time" 3 times so as to match its size with the size of "givendata", I introduced
zeitSpane<-c(0,0,0,36,36,36,48,48,48,60,60,60,72,72,72,96,96,96)
fitliste<-rep(0,18)
fitFunc<-function(t,cj,aj){ #t muss be of length 18
counter<-1
while (counter <= 18){
i <- counter %% 3
if (i == 1){
fitliste[counter]<-N_0(t[counter],cj)
}else{
if (i==0) {i<-3
}else{i<-2}
fitliste[counter]<-N_r(t[counter],i,cj,aj)+counter
}
counter<-counter+1
}
fitliste
}
df<- data.frame(givendata=givendata, t=zeitSpane )
nlsLM(givendata~fitFunc(t,cj,aj), data =df, start=list(t=zeitSpane,cj=c_param,aj=a_param))
我现在得到了这个
colnames<-
( , value = c("t", "cj", "aj")) 中的错误*tmp*
:'dimnames' [2] 的长度不等于数组范围另外:警告消息:在矩阵中(out$hessian,nrow = length(unlist(par))) : 数据长度 [9] 不是行数 [24] 的子倍数或倍数
问:你知道如何解决这个错误吗?警告消息中的这个 9 是从哪里来的?