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你好 StackOverflow 社区，

5 周前，我学会了写和读 R，它让我变得更快乐 :) Stack Overflow 帮助了我一百次甚至更多！一段时间以来，我一直在与素食主义者作斗争。到目前为止，我已经成功地制作了漂亮的 nMDS 图。对我来说下一步是 DCA，但在这里我遇到了麻烦......

让我解释一下：我有一个丰富的数据集，其中列是不同的物种（N = 120），行是横断面（460）。删除带样带代码的第 1 列。丰度在 N 中（不是相对的或转换的）。大多数物种是稀有到非常稀有的，有几个物种的丰度非常高（10000-30000）。总共 N 个人约为 100000。

当我运行 decorana 函数时，它会返回此信息。

    decorana(veg = DCAMVA) 

    Detrended correspondence analysis with 26 segments.
    Rescaling of axes with 4 iterations.

                    DCA1   DCA2   DCA3   DCA4
    Eigenvalues     0.7121 0.4335 0.1657 0.2038
    Decorana values 0.7509 0.4368 0.2202 0.1763
    Axis lengths    1.7012 4.0098 2.5812 3.3408

然而，特征值非常小……只有 1 个物种的 DCA1 值为 2，其余的都是 -1.4E-4 等等……这个高 DCA1 点有 1 个个体……但这不是唯一的只有1个个体的物种..

                                 DCA1      DCA2      DCA3      DCA4 Totals
    almaco.jack              6.44e-04  1.85e-01  1.37e-01  3.95e-02      0
    Atlantic.trumpetfish     4.21e-05  5.05e-01 -6.89e-02  9.12e-02    104
    banded.butterflyfish    -4.62e-07  6.84e-01 -4.04e-01 -2.68e-01     32
    bar.jack                -3.41e-04  6.12e-01 -2.04e-01  5.53e-01     91
    barred.cardinalfish     -3.69e-04  2.94e+00 -1.41e+00  2.30e+00     15
    and so on

我还不能在 StackOverflow 上绘制图片，但想法是 Y 轴上有分布，但 X 值没有。导致情节中有一条线。

我想一切都运行正常，没有返回任何错误。我只是想知道这个集群的原因是什么......有人有任何线索吗？这背后有生态理念吗？？

任何帮助表示赞赏:) 爱 Erik

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看起来您的数据具有“异常值”，即具有异常物种组成的异常站点。DCA 基本上选择了第一个轴来将该站点与其他所有站点分开，然后 DCA2 反映了其余站点的主要变化模式。(D)CA 因这个问题而受到影响（如果你想这样称呼它），但它确实告诉你一些关于你的数据的事情。这可能根本不会影响 NMDS，因为metaMDS()映射了样本之间距离的等级顺序，这意味着它只需将该样本与任何其他样本稍微远离比接下来两个最不同样本之间的距离更远的距离。

metaMDS()您可以停止对此类数据使用 (D)CA 并继续通过in vegan使用 NMDS 。另一种方法是应用诸如 Hellinger 变换之类的变换，然后使用 PCA（有关详细信息，请参阅 Legendre & Gallagher 2001，Oecologia）。这种转换可以通过decostand(...., method = "hellinger")但手动完成也很简单......

于 2015-08-28T20:32:32.963 回答