r - 如何在曼哈顿图中的 y 轴上进行中断，以便从图中省略 ap 值在一定范围内的变量？

Question

我正在使用修改后的 qqman 函数来创建曼哈顿图，并且我的图中的一个峰非常高，几乎不可能详细看到任何接近阈值的基因座。我想在 Y 轴上做一个中断，以便从图中省略 p 值在 10E-35 和 10E-80 之间的 SNP。我查看了 plotrix 包中的 gap.plot() 函数，但这似乎不起作用。我知道如何使用同一包中的 axis.break() 在 Y 轴上放置实际的中断标记。

有没有人遇到过这个问题？

谢谢！

Answer 1

没有代码或示例数据，很难具体解决，但这里有一些指针。

您可能需要做的是：

1. 删除不想要的 y 范围内的点（假设 -log10(P)）：

y[y > 30 & y < 80] <- NA

2. 剩余 y 高于 -log10(P) = 80 的偏移量被移除的范围（80-30 = 50）：

y[y > 80] <- y[y > 80] - 50

3. 绘图区域应该是您想要的。

4. 调整轴标签以反映新范围，例如：

axis(2, at=c(0,10,20,30,40,50,60), labels=c(0,10,20,30,80,90,100))

5. 像您使用一样添加中断轴axis.break()

一旦您提供反馈，我可以进行更多编辑。