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在与我的 Hellinger 转换数据（26 个样本，3000 多个物种/OTU）产生了 Bray-Curtis 差异后，我继续构建 MDS 图。我得到了以下指标：

Dimensions: 2 
Stress:     0.111155 
Stress type 1, weak ties
Two convergent solutions found after 2 tries
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘ALG_Hellinger’

但是，相应的 Shepard 绘图如下所示：在此处输入图像描述

其中，尽管获得良好拟合似乎 BC 差异没有足够的分辨率来区分样本。这是正确的吗？

通过ANOSIM对其进行测试，我得到了以下信息，

ANOSIM statistic R:     1 
Significance: 0.001 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Upper quantiles of permutations (null model):
 90%   95% 97.5%   99% 
 0.123 0.166 0.203 0.249 

 Dissimilarity ranks between and within classes:
                  0%   25%   50%    75% 100%   N
 Between               97 154.0 212.0 266.50  325 229
 Cliona celata complex 19  32.0  46.0  59.00   66  21
 Cliona viridis         3  26.5  37.5  48.50   60   6
 Dysidea fragilis      56  56.5  57.0  59.50   62   3
 Phorbas fictitius      1  18.5  48.5  79.75   96  66

ADONIS 也这样告诉我：

 Permutation: free
 Number of permutations: 999

 Terms added sequentially (first to last)

      Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
 SCIE_NAME  3    7.8738 2.62461  43.049 0.85445  0.001 ***
 Residuals 22    1.3413 0.06097         0.14555           
 Total     25    9.2151                 1.00000           
 ---
 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

也就是说，样本之间的差异是显着的，但 MDS 排序似乎有些误导。

如果需要，我如何测试 MDS 的另一个方面或更改有关此分析的任何内容？

先感谢您！

安德烈

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我不认为谢泼德的情节很差。相反，它表明您的数据是高度聚集的。adonis这与大多数（85%）的变异发生在集群之间的说法是一致的。这也与anosim 集群内距离比集群间距离短得多的结果一致。

于 2015-08-04T05:50:26.360 回答