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我在高性能计算系统上运行批处理作业来对对齐的读取进行排序，并使用 GNU 并行来加速我的工作，但我的工作失败了，原因如下：

并行：错误：输出不完整。无法追加到 $TMPDIR 中的缓冲区文件。磁盘是否已满？并行：错误：使用--tmpdir 更改$TMPDIR 或使用--compress。

我的作业脚本如下所示：

module load samtools/1.2

export TMPDIR=/scratch/$SLURM_JOBID

cd /data
ls *sam* | parallel "samtools sort –T /scratch/$SLURM_JOBID/{.} -O bam -o {}.bam {}"

有谁知道如何解决这个问题？

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我收到相同的消息“parallel: Error: Change $TMPDIR with --tmpdir or use --compress”</p>

我尝试将“--tmpdir /home/mydirectory”添加到脚本中，但是当我看到文件“/home/mydirectory/”没有创建任何内容时，我看到了默认目录“/tmp/”和临时文件（像 /tmp/pAh6uWuQCg、/tmp/opjhZCzAX4 等）仍然在该目录中创建。对我来说，这意味着脚本中的参数“--tmpdir /home/mydirectory”不起作用。

在我的情况下，我运行我的应用程序的脚本隔离并检查日志，并意识到我的应用程序有错误，因为日志显示错误消息并且它填充了文件“/tmp/”

也许我的经验会对你有所帮助

于 2017-04-11T13:25:24.563 回答
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您是否尝试过 GNU Parallel 的建议？

parallel: Error: Change $TMPDIR with --tmpdir or use --compress.
于 2015-07-31T14:51:10.847 回答