circlize我正在尝试使用该库绘制流程图。我的代码在下面，数据集（i75_from_flow.RData）在这里：https ://drive.google.com/file/d/0B0hTmthiX5dpbFJFc2hfN1Zqd1k/view
library(reshape)
t1 <- cast(i75_from_flow, ORIGFIPS ~ TERMFIPS)
i75_from_flow2<- data.matrix(subset(t1, select=-c(1)))
rownames(i75_from_flow2) <- t1$ORIGFIPS
colnames(i75_from_flow2) <- colnames(i75_from_flow2)
library(circlize)
circos.par(gap.degree = 8)
chordDiagram(i75_from_flow2, grid.col= length(union(rownames(i75_from_flow2),colnames(i75_from_flow2))), directional = TRUE, annotationTrack = "grid",
preAllocateTracks = list(list(track.height = 0.05),
list(track.height = 0.05)))
circos.trackPlotRegion(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
xlim = get.cell.meta.data("xlim")
ylim = get.cell.meta.data("ylim")
sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
circos.text(mean(xlim), mean(ylim), sector.index, facing = "inside", niceFacing = TRUE)
}, bg.border = NA)
当我运行上述代码时，在代码中的chordDiagram和circos.trackPlotRegion行之后出现以下错误。
Error in .CELL.DATA[[1]] : subscript out of bounds
我的目标是获得一个图像，将矩阵单元显示为 ORIGFIPS 和 TERMFIPS 之间的流动。
我的问题是如何修复单元格数据问题中的错误。矩阵是否应该对称才能使 circlize 正常工作？在这项工作中并非总是如此。